鰱鳙魚(yú)是典型的東亞特有鯉科魚(yú)類, 在我國(guó)是最大的經(jīng)濟(jì)魚(yú)類養(yǎng)殖群體, 為我國(guó)提供了大量的優(yōu)質(zhì)水產(chǎn)蛋白資源。有趣的是，“胖頭魚(yú)”等亞洲鯉魚(yú)作為中國(guó)暢銷美食，在美國(guó)卻有另一番景象：泛濫成災(zāi)。上個(gè)世紀(jì)70年代，美國(guó)的很多水域都會(huì)出現(xiàn)雜草和寄生蟲(chóng)，便從我國(guó)引進(jìn)了不少鰱、鳙魚(yú)等（與草魚(yú)、鯉魚(yú)一起被稱亞洲鯉魚(yú)）來(lái)解決這些麻煩。由于沒(méi)有天敵，又不是當(dāng)?shù)氐氖秤敏~(yú)類，反而演變成入侵物種泛濫成災(zāi)。 

　　近日，中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所何舜平研究員團(tuán)隊(duì)聯(lián)合華大基因等多家單位在Molecular Ecology Resources在線發(fā)表了題為“Whole genome sequencing of silver carp (Hypophthalmichthys molitrix) and bighead carp (Hypophthalmichthys nobilis) provide novel insights into their evolution and speciation”的研究論文(https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.13297)。研究者利用短讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)，結(jié)合遺傳圖譜輔助掛載染色體的組裝策略，獲得連續(xù)性較好、準(zhǔn)確度高的染色體水平的鰱魚(yú)和鳙魚(yú)基因組；同時(shí)對(duì)鰱魚(yú)20個(gè)野生樣本（珠江7個(gè)，黑龍江4個(gè)和長(zhǎng)江9個(gè)），鳙魚(yú)22個(gè)野生樣本（珠江8個(gè)，黑龍江4個(gè)和長(zhǎng)江10個(gè)）進(jìn)行群體重測(cè)序分析。該研究揭示了東亞鯉科魚(yú)類的進(jìn)化歷史，并進(jìn)一步探討了鰱魚(yú)、鳙魚(yú)物種形成，群體分化的遺傳學(xué)基礎(chǔ)。 

　　分析發(fā)現(xiàn)包括鰱魚(yú)、鳙魚(yú)和草魚(yú)、團(tuán)頭魴在內(nèi)的東亞鯉科魚(yú)類在920萬(wàn)年前左右分化出來(lái)，東亞鯉科魚(yú)類在形成之后，物種快速進(jìn)化并適應(yīng)新的環(huán)境，與其他鯉科魚(yú)類逐漸分化。其中最顯著的差異是鯉科魚(yú)類一般含有25條染色體，但是東亞鯉科魚(yú)類卻只有24條染色體，這是因?yàn)榕c斑馬魚(yú)同源的22號(hào)和10號(hào)染色體發(fā)生了融合。鰱魚(yú)、鳙魚(yú)的分化時(shí)間大概為360萬(wàn)年以前，是兩個(gè)獨(dú)立物種，但具有非常近的親緣關(guān)系。群體基因組學(xué)分析檢測(cè)到了從鳙魚(yú)到鰱魚(yú)的基因滲入，證明了這兩個(gè)近緣物種之間可能存在自然雜交的現(xiàn)象。同時(shí)，研究人員檢測(cè)物種分化的區(qū)域，主要和生殖過(guò)程和早期雌性發(fā)育相關(guān)，這些區(qū)域可能影響了兩個(gè)物種早期的物種分化，生殖隔離和環(huán)境適應(yīng)。 

　　華大基因簡(jiǎn)建波副研究員，水生所楊連東副研究員、水生所甘小妮博士及華大基因吳斌高級(jí)分析工程師為論文共同第一作者，中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所何舜平研究員為通訊作者，團(tuán)隊(duì)多位研究人員和信息分析工程師也參與了該項(xiàng)研究，同時(shí)也得到了國(guó)內(nèi)外多家單位相關(guān)研究學(xué)者的參與和支持。研究工作受到了中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略重點(diǎn)研究項(xiàng)目和國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的資助和支持。