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工作動態(tài)

武漢植物園完成城口榿葉樹葉綠體基因組的解析

發(fā)表日期:2021-04-20來源:武漢植物園放大 縮小

  榿葉樹屬(Clethra)是熱帶至亞熱帶地區(qū)重要的山地樹種,具有良好的園林觀賞性和環(huán)境適應(yīng)性。該屬約65種,間斷分布于東亞和東南亞、北美東南部、中美洲、巴西東部和馬德拉群島。榿葉樹屬是合瓣花植物中較為原始的類群,其許多特征與杜鵑花科某些屬高度相似,以往植物學(xué)家曾將本屬放置于杜鵑花科內(nèi)。1851年,德國植物學(xué)家Klotzsch將該屬從杜鵑花科中移出,新建立了一個單屬科——榿葉樹科(Clethraceae)。近些年隨著分子系統(tǒng)學(xué)的興起,基于3個葉綠體DNA片段的系統(tǒng)發(fā)育研究結(jié)果,支持原屬于鞣木科(Cyrillaceae)的虎萼木屬(Purdiaea)為榿葉樹屬的姐妹群并劃入榿葉樹科。到目前為止,已測序的榿葉樹屬葉綠體基因組數(shù)據(jù)很少,在NCBI數(shù)據(jù)庫中僅有云南榿葉樹(Clethra delavayi)一種,很大的制約了對本屬植物系統(tǒng)發(fā)育的研究。

    武漢植物園東非植物區(qū)系與分類學(xué)科組首次對該屬分布于華中地區(qū)的本土植物——城口榿葉樹(Clethra fargesii)葉綠體基因組進(jìn)行了解析。研究發(fā)現(xiàn),城口榿葉樹的葉綠體基因組全長157,486 bp,共注釋到112個單拷貝基因,其中包含80個蛋白質(zhì)編碼基因,30個tRNA基因,4個rRNA基因(圖1)。與同屬杜鵑花目(Ericales)下的其他科植物相比,該基因組的基因個數(shù)、GC含量和密碼子偏好性等方面具有較高的相似性,同時通過基因組比對重排,選擇壓力和核苷酸多態(tài)性分析,發(fā)現(xiàn)該基因組在一些方面表現(xiàn)出高度的保守性。此外,該研究還發(fā)現(xiàn)了該基因組中的73個微衛(wèi)星序列(SSR)和7個核苷酸多態(tài)性較高的區(qū)域,可作為榿葉樹科物種鑒定和系統(tǒng)發(fā)育的潛在標(biāo)記?;?5個葉綠體蛋白質(zhì)編碼序列串聯(lián)數(shù)據(jù)重建杜鵑花目系統(tǒng)發(fā)育樹,結(jié)果支持了榿葉樹屬與杜鵑花科(Ericaceae)互為姐妹類群(圖2)。該研究為榿葉樹屬的葉綠體基因組研究提供了重要數(shù)據(jù),對今后關(guān)于該屬及榿葉樹科的系統(tǒng)發(fā)育研究和物種演化具有重要意義。

    該研究成果以“Complete Chloroplast Genome of Clethra fargesii Franch., an Original Sympetalous Plant from Central China: Comparative Analysis, Adaptive Evolution, and Phylogenetic Relationships”為題發(fā)表在國際學(xué)術(shù)期刊《Forests》上。本研究是在武漢植物園東非植物區(qū)系與分類學(xué)科組胡光萬研究員和江西農(nóng)業(yè)大學(xué)林學(xué)院江西省竹子種質(zhì)資源與利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室國春策教授共同指導(dǎo)下完成,為雙方實(shí)驗(yàn)室合作研究的成果,江西農(nóng)業(yè)大學(xué)與武漢植物園聯(lián)合培養(yǎng)的碩士研究生丁世雄為本論文的第一作者,雙方實(shí)驗(yàn)室多名研究生參與了本項(xiàng)研究。

  論文鏈接:https://doi.org/10.3390/f12040441

 

圖1. 城口榿葉樹(Clethra fargesii)的葉綠體基因組圖譜

 

圖2. 基于40個杜鵑花目植物的75個葉綠體蛋白質(zhì)編碼序列串聯(lián)數(shù)據(jù)構(gòu)建的最大似然法和貝葉斯法系統(tǒng)發(fā)育樹

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