非編碼RNA包括lncRNA、miRNA和circRNA等，它們在植物基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中起著重要的作用。然而目前鮮有對其在水生開花植物表型適應(yīng)性進(jìn)化中的作用的研究。蓮（Nelumbo nucifera）在對不同緯度地區(qū)環(huán)境的適應(yīng)性進(jìn)化過程中產(chǎn)生兩種表型差異的生態(tài)型：地下莖膨大越冬并具有明顯年生長發(fā)育周期的溫帶蓮，地下莖呈鞭狀不膨大且全年無明顯停頓生長的熱帶蓮。武漢植物園陳進(jìn)明研究團(tuán)隊與武漢園林科學(xué)研究院合作，以蓮兩生態(tài)型的地下莖為研究對象，利用全轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)解析非編碼RNA在蓮地下莖表型分化的基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的作用，對物種適應(yīng)性進(jìn)化及生態(tài)型間差異表型形成的分子機(jī)制研究提供重要參考。 

　　該研究通過對5個不同國家地區(qū)野生蓮生長發(fā)育后期地下莖的全轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析，構(gòu)建mRNA、lncRNA、miRNA和circRNA的表達(dá)譜，發(fā)現(xiàn)mRNA和lncRNA具有明顯的生態(tài)型表達(dá)分化，miRNA和circRNA具有地區(qū)特異性表達(dá)模式。研究分別鑒定出具有溫帶蓮特異性和熱帶蓮特異性表達(dá)模式的四種不同類型RNA的集合，并基于非編碼RNA和mRNA的靶標(biāo)關(guān)系構(gòu)建蓮內(nèi)源性競爭RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)一步的GO和KEGG功能富集分析顯示這些靶基因主要參與糖類代謝和植物激素信號傳導(dǎo)通路。結(jié)合已發(fā)表的兩生態(tài)型蓮的基因組重測序數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)非編碼RNA靶標(biāo)基因在蓮生態(tài)表型分化過程中不易于受到正選擇或表現(xiàn)出差異表達(dá)。利用前期已完成的相同組織樣本的甲基化測序數(shù)據(jù)，進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)溫帶蓮基因組中非編碼RNA區(qū)域的甲基化水平普遍高于熱帶蓮，并且lncRNA中的差異甲基化對其表達(dá)模式具有調(diào)控作用。 

　　相關(guān)研究成果以“Expression rewiring and methylation of non-coding RNAs involved in rhizome phenotypic variations of lotus ecotypes”為題發(fā)表在國際生物信息學(xué)期刊Computational and Structural Biotechnology Journal上。中國科學(xué)院武漢植物園水生植物生物地理課題組助理研究員張越和李會博士為共同第一作者，武漢植物園陳進(jìn)明研究員和石濤副研究員為共同通訊作者。相關(guān)研究得到中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項（XDB31000000）、國家自然科學(xué)基金項目（3217024, 31570220, 31870208）、中國科學(xué)院青年創(chuàng)新促進(jìn)會項目（2019335）、湖北省自然科學(xué)基金項目（2019CFB275）等項目的支持。 

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圖 蓮兩生態(tài)型適應(yīng)性分化的非編碼RNA分析流程